Широкое функциональное поле осуществляемых исследований и операций обуславливает комплекс подходов и методов, применяемых в логистике. Фактически весь комплекс разработок в этой области привлечен в качестве методологического инструментария для организации эффективного управления хозяйственными процессами на том или ином уровне макро- и микроэкономики, с учетом логистической специфики.
Методологической основой сквозного управления потоковыми процессами является системный подход. Он представляет собой комплексное изучение явлений, ситуаций или объектов как единого целого с позиций системного анализа.